Penyelenggaraan program pendidikan di Perguruan Tinggi, termasuk UGM, memerlukan pembiayaan yang memadai untuk mempertahankan dan meningkatkan kualitas yang sudah dicapai sampai saat ini.
Untuk menghasilkan lulusan UGM yang berkualitas tinggi dan memiliki kepedulian untuk mengabdi pada kepentingan dan kemakmuran Bangsa diperlukan sumberdaya dan proses pembelajaran yang juga berkualitas tinggi.
Penerapan kebijakan subsidi silang biaya berkeadilan di UGM sejak tahun 2003 sudah memberikan hasil yang menggembirakan, yang terlihat pada meningkatnya jumlah penerima beasiswa dari waktu ke waktu.
Uang kuliah yang diberlakukan untuk mahasiswa tahun ajaran 2013/2014 adalah menggunakan sistem Uang Kuliah Tunggal (UKT). Penetapan UKT berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 55 Tahun 2013 tentang Biaya Kuliah Tunggal dan Uang Kuliah Tunggal pada Perguruan Tinggi Negeri di Lingkungan Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan.
Kategori kelompok Uang Kuliah Tunggal (UKT) bagi tiap mahasiswa ditentukan berdasarkan jumlah total penghasilan kotor orang tua.
Untuk meningkatkan akses pendidikan bagi masyarakat, UGM terus mengupayakan dukungan biaya pendidikan melalui program beasiswa. Mahasiswa UGM patut bangga dan berbahagia karena Universitas-nya dipandang sebagai lembaga yang kredibel sebagai pengelola beasiswa sehingga saat ini tak kurang dari 60 lembaga pemberi beasiswa telah menjalin kerjasama dengan UGM. Dana beasiswa yang dikelola berjumlah 61 miliar rupiah, berasal dari pemerintah, lembaga mitra, dan dana UGM sendiri. Dari dana yang dikelola tersebut, pada tahun 2014 sebanyak 43% mahasiswa UGM menerima beasiswa untuk meringankan beban biaya pendidikannya.