Program Strata 2 (S2) Ilmu Hubungan Internasional UGM dibuka sejak tahun 2002 dan didirikan oleh Departemen Ilmu Hubungan Internasional FISIPOL UGM bertujuan untuk mengkaji lebih dalam isu-isu, konsep dan kerangka empiris dalam memahami keterkaitan antara berbagai macam bidang dalam diplomasi dan kebijakan luar negeri. Pada tahun 2007 Program Pascasarjana HI UGM mengembangkan 2 (dua) fokus kajian, yaitu Politik Internasional (PI) dan Kerjasama Pembangunan Internasional (KPI). Baru pada tahun 2009 ditawarkan fokus kajian baru yaitu Studi Perdamaian Internasional (SPI). Fokus kajian ini merupakan hasil kerjasama dengan United Nations University for Peace (UN-Peace) sebagai salah satu bentuk internasionalisasi program Program Pascasarjana HI UGM.