Program Studi Magister Ilmu Pendidikan Kedokteran dan Kesehatan (S2 IPK) berkomitmen untuk meningkatan profesionalisme tenaga pendidik profesi dokter dan profesi kesehatan lainnya, sehingga mutu pendidikan kedokteran dan kesehatan dapat ditingkatkan sehingga akan meningkatkan mutu pelayanan kesehatan. Prodi S2 IPK bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang mampu berperan sebagai medical teacher, medical education researcher, medical education innovator. Mutu program studi menjadi hal yang selalu kami utamakan. Prodi S2 IPK FK KMK UGM mendapatkan akreditasi A dari BAN-PT sejak tahun 2015. Selain itu, program studi ini telah meraih akreditasi internasional ASEAN University Network (AUN) sejak tahun 2018. Selain itu, FK KMK telah menjalin kolaborasi dengan Foundation for Advancement of International Medical Education and Research (FAIMER) Philadelphia telah resmi ditunjuk menjadi salah satu pusat regional dari FAIMER, yang pertama di area Asia Tenggara dan Australia. Kesempatan mengikuti fellowship di bidang medical education bertaraf internasional FAIMER di Indonesia (FRIENDSHIP) dapat juga diambil oleh para mahasiswa Prodi S2 IPK secara paralel dengan studi magister.
Lulusan Prodi S2 IPK FK KMK UGM banyak dibutuhkan di institusi-institusi pendidikan kedokteran dan profesi-profesi kesehatan. Di bidang kedokteran misalnya, mengacu pada Standar Nasional Pendidikan Kedokteran disebutkan bahwa setiap institusi pendidikan kedokteran minimal memiliki 1 pakar pendidikan kedokteran yang mempunyai pendidikan strata 2 di bidang Ilmu Pendidikan Kedokteran. Selain sebagai dosen, lulusan juga kompeten mengembangkan kurikulum, sistem assessment, faculty development, konsultan pendidikan, evaluasi program pendidikan, peneliti, dan sebagainya. Beberapa alumni Prodi S2 IPK FK KMK UGM saat ini berkarya sebagai Kepala Medical/Health Professions Education Unit, Kepala Program Studi, Dekan atau Wakil Dekan, Panitia Nasional Uji Kompetensi Mahasiswa Program Profesi Dokter, dan posisi-posisi strategis lainnya.
